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神奇寶貝劇場版即神奇寶貝電視動畫的電影版，是指日方每年七月首輪放映的電影，劇情集中於神奇寶貝和小智一行人，也可能會有傳說中的神奇寶貝為電影的特點，故事的背景是以日本外邊的現實世界的地方為原型。劇中小智一行人通常是當時播放的動畫版的隊伍，手持神奇寶貝也與動畫版一致，在神奇寶貝無印篇初期的四部電影版中，劇情仍然隸屬於動畫版的劇情延伸和補充，但是由於之後劇場版經常會與動畫版出現劇情和設定上的沖突，所以制作組開始設定為電影版與動畫版的劇情相對獨立，但是也有部分劇場版會在動畫劇集中出現彩蛋性質的聯動橋段（如神速的蓋諾賽克特 超夢覺醒）。